Préparé depuis plusieurs mois par la France combattante, le processus d'épuration est, dès le jour de la Libération, évoqué par Yves Farge. Dans un discours qu'il fait placarder sur les murs de la région, il interpelle les "citoyens" français :

"Votre devoir est d'agir de telle sorte que l'histoire puisse enregistrer que le droit et la justice ont été, à cette heure de la délivrance, inséparables de la liberté. Les tribunaux militaires vont juger les traîtres. Tous ceux qui ont servi l'ennemi, tous ceux qui ont assassiné, déporté, pillé le peuple de France; tous ceux qui, par délation, ont contribué au martyre du pays, vont rendre des comptes." (Yves Farge, reproduit dans "Rebelles, soldats et citoyens" p. 190)

Par une ordonnance du 26 juin 1944, le Gouvernement provisoire de la République française crée des nouvelles juridictions civiles d'exception qui vont juger les affaires de collaboration. La Cour de justice de Lyon est instituée le 29 septembre 1944 et elle va fonctionner jusqu'en juillet 1949. Elle va juger rapidement l'ex-intendant régional de police René Cussonac et Marius Berliet...

Virginie Sansico, a analysé l'activité de cette Cour de justice pendant ses cinq années d’existence.

Travaillant dans des conditions souvent précaires, ayant à juger des cas lourds comme ceux de Cussonac, Berliet mais aussi de l'ex-préfet Angeli ou de Charles Maurras, de Joseph Boiron, magistrat devenu milicien, le juge Marcel Rousselet à eu aussi à traiter d'affaires de moindre importance dont celle d'Yvonne Maria Coindat.

Nikolaus Barbie (né en 1913 à Bad Godesberg, mort à Lyon le 25 septembre 1991), dit Klaus Barbie, a été le chef de la section IV (SIPO-SD) dans les services de la police de sûreté allemande basée à Lyon. Surnommé « le boucher de Lyon », il a été condamné pour crime contre l’humanité à Lyon en 1987.

Origines et débuts SS en Allemagne

Klaus Barbie obtient son Abitur en 1933 et adhère aux Jeunesses hitlériennes (Hitlerjugend).

En 1935, il est admis à la SS. La même année, il commence à travailler, à Berlin, au service central du Sicherheitsdienst (SD), le service de sécurité du parti nazi qui deviendra service de renseignements du Reich en 1938. Il reçoit ensuite une formation d’enquêteur au quartier général de la police de l’Alexanderplatz. Après quelques semaines à la brigade criminelle, il est affecté à la brigade des mœurs. En 1936, il est muté à Düsseldorf. L’année suivante, il passe par l'école du SD à Bernau avant d’être envoyé suivre un cours d’officier à Berlin-Charlottenburg. Les listes du NSDAP ayant été fermées en avril 1933, ce n’est qu’à leur réouverture en 1937 que Barbie devient membre du parti.

Fin 1938, durant trois mois, il effectue son service militaire au 39e régiment d’infanterie, puis poursuit sa formation d’officier. Le 20 avril 1940, il est nommé SS-Untersturmführer (sous-lieutenant SS). Quelques jours plus tard, il épouse Regine Willms qui a adhéré au parti nazi en 1937 et travaille dans une crèche de l’association des femmes nazies.

Pays-Bas (1940-1941)

En 1940, après l'invasion des Pays-Bas, Klaus Barbie y est envoyé au sein d'un détachement de la Sipo-SD (Sicherheitspolizei und Sicherheitsdienst, police de sécurité - État - et service de sécurité - parti nazi) à la section VI (Amt VI, Ausland-SD, renseignements à l'étranger) chargée de la préparation du débarquement en Grande-Bretagne. Avant même que celui-ci ne soit annulé, Klaus Barbie est muté à la section IV (Amt IV, improprement appelée Gestapo, en fait formée des sections [Abteilungen] II et III de la Gestapo et de la section centrale [Zentralabteilung] III2 du SD Hauptamt). Dans ce cadre, d'abord à La Haye, puis à Amsterdam, il participe activement à la poursuite et à la rafle des juifs, des francs-maçons et des émigrés allemands. Il « travaille » avec tant de zèle qu'en octobre 1940, il est promu SS-Obersturmführer (lieutenant SS). Pour avoir été l'un des officiers les plus énergiques dans l'assaut du ghetto juif d'Amsterdam et pour avoir commandé des pelotons d'exécution, il est décoré de la croix de fer de seconde classe (Eisernes Kreuz II.Klasse) le 20 avril 1941.

Front russe (1941-1942)

Bien que cela ne soit pas mentionné sur ses états de service, Klaus Barbie aurait été envoyé en URSS, de l'été 1941 au printemps 1942, dans un commando spécial de la Sipo-SD, chargé de la lutte contre les partisans sur les arrières de l'armée allemande.

En février 1943, Klaus Barbie devient le chef de la Gestapo de la région lyonnaise (troisième officier, par ordre d'importance, au sein du KDS de Lyon). Sous ses ordres, sont torturés et exécutés de nombreux résistants, dont Jean Moulin. Il arrête aussi personnellement, à la demande de Joachim von Ribbentrop, en août 1943, Albert Lebrun et André François-Poncet en Isère. Surnommé « le boucher de Lyon », il donne l'ordre d'exécuter de nombreux otages et de déporter des milliers de Juifs à Drancy — étape intermédiaire avant Auschwitz. Parmi ses victimes, se trouvent les 86 personnes arrêtées le 9 février 1943 au siège de l'UGIF, situé 12, rue Sainte-Catherine à Lyon, mais aussi les 44 enfants d'Izieu raflés le 6 avril 1944. 

Le 11 août de la même année, Barbie réussit à faire partir directement de Lyon pour Auschwitz le dernier convoi de déportés avec 650 personnes dont 342 non-juifs et 308 juifs. Lors de son procès, il est accusé d'avoir fait fusiller 22 otages, dont des femmes et des enfants, en représailles d'un attentat sur deux policiers allemands en 1943, d'avoir torturé ou fait torturer au moins une vingtaine de personnes en 1943 et d'en avoir fait fusiller au moins une quarantaine la même année, d'avoir fait fusiller 70 Juifs à Bron et beaucoup d'autres parmi les 120 prisonniers de la prison Montluc exécutés à Saint-Genis-Laval durant l'été 1944, où il est vrai que, selon Max Payot, un agent français de la Gestapo, Fritz Hollert, deuxième officier du KDS de Lyon, donc supérieur à Klaus Barbie, est présent.

Durant le premier semestre de l'année 1944, Barbie dirige également le commando de la Sipo-SD qui accompagne les troupes de répression des maquis, notamment dans l'Ain et le Jura : il torture, tue ou fait tuer de nombreux villageois censés soutenir les maquisards.

Il est également très actif du côté savoyard de la frontière franco-suisse, lieu de passage de clandestins vers la Suisse. Accompagné de son interprète Gottlieb Fuchs, il conduit des interrogatoires accompagnés d'actes de torture à l'hôtel Pax d'Annemasse en Haute-Savoie.

En septembre 1944, Klaus Barbie se trouve dans les Vosges. Le 5 septembre, sa présence est attestée à Bruyères avec de nombreux membres de la Sipo-SD de Lyon : le SS-Obersturmbannführer (lieutenant-colonel SS) Werner Knab, les sous-officiers Harry Stengritt et Krüll, des collaborateurs du PPF avec à leur tête Marcel Bergier et Charles Marandin, ainsi qu'une centaine d'auxiliaires français. Le 8 septembre, Barbie se rend à Rehaupal avec l'objectif de localiser un maquis.

Le 14 septembre 1944, le SS-Sturmbannführer (commandant SS) Wanninger recommande Klaus Barbie - déjà jugé dans un rapport de 1940 comme « discipliné, travailleur, honnête, amical, bon camarade, officier irréprochable » - pour une promotion au grade de SS-Hauptsturmführer (capitaine SS) en ces termes : « Klaus Barbie est connu au Quartier général comme un chef SS enthousiaste, qui sait ce qu’il veut. Il a un talent certain pour le travail de renseignement et pour la recherche des criminels. Sa plus grande réussite réside dans la destruction de nombreuses organisations ennemies. Le Reichsführer-SS Heinrich Himmler a exprimé sa gratitude à Barbie dans une lettre personnelle qui le félicitait pour la qualité de son travail dans la recherche des criminels et la lutte contre la Résistance. Barbie est [un officier] sur lequel on peut compter aussi bien sur le plan psychologique que sur le plan idéologique. Depuis sa formation et son emploi au sein du SD, Barbie a mené une carrière assidue en tant que directeur d’un service supérieur et, s’il n’y a pas d’objection, il est recommandé qu’il soit promu SS-Hauptsturmführer. »

Paul Touvier est né en 1915 dans une famille catholique traditionaliste et nationaliste. Après les combats de 39-40 il revient à Chambéry, adhère à la Légion française des combattants et devient en 1941 secrétaire du Service d’ordre légionnaire (SOL). Il entre en 1943 dans la Milice ; à Lyon il gravit tous les échelons devenant chef régional du 2e service de la Milice. La Milice lui donne, à lui le raté, le non-diplômé, le mal-aimé, une réussite sociale et des avantages matériels.

Il participe à l’arrestation de juifs, en particulier celle de Victor Basch et de sa femme, le 10 janvier 1944, et à la chasse aux résistants, organise des rafles, répond à l’assassinat de Philippe Henriot et faisant fusiller sept juifs à Rillieux-la-Pape le 29 juin 1944. Il se sert aussi dans les biens de ceux qu’il arrête, ce qui lui permet d’amasser une petite fortune….

Condamné à mort par contumace par la Cour de justice de Lyon le 10 septembre 1946 et à la même peine par la Cour de justice de Chambéry en 1947, il est arrêté à Paris en juillet 1947 à la suite de vols à main armée mais il parvient à s’échapper.

Sa cavale va durer 43 ans grâce à les prêtres et à des moines.

En 1971 il obtient la grâce du Président Pompidou auprès de qui de hauts personnages du clergé sont intervenus en sa faveur. Cela déclenche l’indignation dans les familles de victimes et de résistants et de nouvelles plaintes sont déposées contre Touvier en 1973. Il disparaît à nouveau avec sa famille, à travers un réseau de couvents. Il est arrêté en 1989 au prieuré Saint-François à Nice. Il bénéficie alors d’un non-lieu scandaleux en 1992, cassé par la Cour de cassation puis il est jugé par la Cour d’assises des Yvelines et est condamné à la réclusion criminelle à perpétuité le 19 avril 1994 pour crimes contre l’humanité : le massacre de Rillieux, l’attentat contre la synagogue de Lyon le 19 décembre 1943, l’assassinat des époux Basch, la déportation de Jean de Filippis et l’assassinat de Lucien Meyer, la déportation d’Eliette Meyer et de Claude Bloch. Il meurt à la prison de Fresnes en 1996.